Laboratorio de Genómica del Cáncer

LABORATORIO DE GENÓMICA DEL CÁNCER

Nuestro laboratorio se encuentra estudiando el papel de los factores epigenéticos en el daño del ADN, en su respuesta y mantenimiento de la integridad genómica, así como la búsqueda de oportunidades para terapias dirigidas a tumores sólidos, con especial atención al cáncer de mama y vesícula biliar.

Para esto, utilizamos distintas tecnicas de biología celular y molecular, como Inmunofluorescencia y microscopía, RT-qPCR, Western Blot, cromatina Inmuneprecipitación (ChIP), entre otras. Tambien nos encontramos utilizando secuenciación de próxima generación (NGS), utilizando MiSeq y Ion Torrent Plataforms.

Directora KATHERINE MARCELAIN, PHD

Licenciada en Medicina Veterinaria año obtención 1996. Médico Veterinario año de obtención 1998. Grado Doctor en Ciencias Biomédicas año de obtención 2003.

Equipo Científico

Dr. Ricardo Verdugo

Dr. Ricardo Verdugo Perfil Academico Publicaciones Proyectos de

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Dra. Katherine Marcelain

Dra. Katherine Marcelain. Perfil Academico Proyectos Publicaciones Memorias

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Dra. Monica Ahumada

Dra. Mónica Ahumada Sub Directora Perfil Academico Publicaciones

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Dra. Olga Barajas

Dra. Olga Barajas Consejera Perfil Academico Publicaciones Proyectos

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OTROS MIEMBROS DEL EQUIPO

Jessica Toro Carrasco

Profesional Bioquímica

Bioquímica de la Universidad de Santiago de Chile y Magíster en Docencia para la Educación Superior de la Universidad Andrés Bello. Actualmente, se desempeña como Asistente de investigación y coordinadora del área de secuenciación de última generación (NGS) en el Proyecto FONDEF IT16I10051 Tumor Sec: Optimización, validación y masificación de un ensayo de secuenciación de genes para mejorar la precisión de las terapias oncológicas.

Paola Gonzalez Moraga

Técnico de Laboratorio

Laboratorista Clínico, Banco de Sangre e Imagenología del Instituto Nacional de Capacitación (INACAP), actualmente se desempeña como Personal Técnico en Proyectos Fondef # 16I10051 y Proyecto Anillo ACT 17251.

Rodrigo Andaur Medina

Postdoc

Bioquímico de la Universidad de Santiago de Chile y PhD. en Bioquímica de la Universidad de Chile con la tesis "Efecto de dosis bajas de radiación ionizante en la expresión de miRNAs y su relación con la muerte de una línea celular de cáncer colorrectal", bajo la tutoría de la Dra. Katherine Marcelain y el Dr. Julio Tapia. Actualmente se desempeña como Investigador Post-Doctoral en el contexto del Proyecto Anillo ACT-172101

Hector Araya

Postdoc

Bioquímico egresado de la Universidad de Santiago de Chile. Doctor en Bioquímica de la Universidad de Chile. Actualmente se encuentra estudiando los efectos de la radiación de plasma pulsada en células cancerígenas. Desarrolla su investigación en el Laboratorio de Genómica del Cáncer bajo la dirección de la Dra. Katherine Marcelain.

Solange Rivas

Postdoc

Tecnólogo Médico con mención en Morfofisiopatología y Citodiagnóstico, de la Universidad Mayor y candidata a Doctora en Ciencias Biomédicas de la Universidad de Chile. El año 2011 realizó su tesis de pregrado titulada “Estudio de la degradación de la proteína Ski posterior a su fosforilación por el oncogén Aurora A”, bajo la dirección de la Dra. Katherine Marcelain. Actualmente, se desempeña como Asistente de Investigación en los proyectos FONDEF IT16I10051 y Anillo ACT 17251.

Ignacio Maureira

Investigador

Tecnólogo Médico con mención en morfofisiopatología y citodiagnóstico y Magíster (c) en Genética de la Universidad de Chile. Actualmente desarrolla su tesis de Magíster en el Proyecto FONDEF IT16I10051, específicamente en la identificación de genes blanco de terapia dirigida en cáncer colorrectal.

Jorge Lillo

Estudiante doctorado

Nicolás Miranda

Estudiante de Magister

Licenciado en Biotecnología de la Universidad de Antofagasta y estudiante de Magister en Genética en la Universidad de Chile. Actualmente realiza su tesis en área de secuenciación de última generación (NGS).

Francy Ramos Sanabria

Estudiante de Magíster

Tesista de Magíster Bióloga egresada de la Universidad del Tolima, Colombia. Actualmente estudiante de segundo año del Magíster en Genética de la Universidad de Chile. Desarrolla su tesis en el Laboratorio de Genómica del Cáncer bajo la dirección de la Dra. Katherine Marcelain.

Evelin Gonzalez

Ing. Bioinformática

Actualmente se desempeña como asistente de investigación en la identificación de variantes somáticas en cáncer en muestras clínicas en el proyecto FONDEF IT16I10051 y análisis de expresión diferencial de miARN para proyecto ANILLO ACT172101.

Nicolás Miranda

Tesista Pregrado

Leyla Zabib Jubis

Tesista Pregrado

Estudiante de Tecnología Médica, mención Morfofisiopatología y Citodiagnóstico de la Universidad del Desarrollo. Actualmente realiza su tesis de pre grado a cargo del Bioquímico PhD Rodrigo Andaur en el contexto del Proyecto Anillo ACT 17251.

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN

PUBLICACIONES

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN

Código proyecto	Título proyecto	Inicio	Fin	Investigador principal / Coinvestigadores	Institución / Unidad académica principal	Programa	Fuente
IT16I10051	TumorSec: Optimización, validación y masificación de un ensayo de secuenciación de genes para mejorar la precisión de terapias oncológicas	01-03-2017	01-03-2019	K. Marcelain / R. Verdugo	UCH / Facultad de Medicina, Departamento de Oncología Básico _ Clínico, Departamento de Oncología Básico _ Clínico	FONDEF	IDEA
1151446	ADAR promotes breast cancer progression through the regulation of cell cycle and DNA repair related genes	01-03-2015	01-03-2019	R. Armisen / B. Muller; J. Tapia; K. Marcelain; R. Verdugo	Otras Instituciones/ Otras Instituciones, Otras Instituciones	FONDECYT	Regular
1151435	Role of Ski/Smad4 complex on the establishment of epigenetic modifications of pericentromeric chromatin required for proper chromosome segregation	01-03-2015	01-03-2019	K. Marcelain / R. Armisen; R. Assar	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Genética Humana	FONDECYT	Regular
EQM140157	NextSeq 5000 Sequencing System	01-11-2014	01-11-2015	R. Verdugo / A. Couve; B. Urzua; C. Araneda; C. Larrañaga; J. Aguillon; K. Marcelain; L. Cifuentes; L. Herrera; L. Jara; M. Bustamante; P. Olguín; R. Armisen; R. Ramires; S. Lavandero	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Genética Humana	FONDEQUIP	Concurso de Equipamiento Científico
EQM130042	Plataforma de microscopía confocal para uso en investigaciones biomédicas avanzadas	01-12-2013	01-12-2014	L. Leyton / A. Criollo; A. Paula; D. Bravo; E. Jaimovich; G. Diaz; K. Marcelain; M. Behrens; M. Chiong; M. Vega; S. Buvinic; S. Lavandero; U. Kemmerling; V. Torres	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Biología Celular y Molecular	FONDEQUIP	Concurso de Equipamiento Científico
Act-1115	Física de Plasma, Potencia Pulsada y Biología Celular para Energía, Vida y Medio Ambiente	01-10-2012	01-10-2015	L. Soto / A. Tarifeño; C. Pavez; G. Aravía; G. Gutiérrez; J. Moreno; J. Tapia; K. Marcelain; L. Huerta; M. Zambra; R. Armisen	Comisión Chilena de Energía Núclear/ Comisión Chilena de Energía Núclear, Comisión Chilena de Energía Núclear	Programa de Investigación Asociativa	Concurso Anillos en Ciencia y Tecnologia
1120222	Ski-containing transciptional co-repressor complexes on mitotic chromosomes repress the expression of selected target genes at early G1	01-03-2012	01-03-2015	K. Marcelain / R. Armisen; U. Urzua	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Genética Humana	FONDECYT	Regular
1120286	The transient receptor potential melastatin 4 (TRPM4) channel stabilizes beta-catenin and therefore enhances cell proliferation through a calcium-dependent negative regulation of GSK-3beta activity	01-03-2012	01-03-2015	R. Armisen / J. Tapia; K. Marcelain	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Fisiopatología	FONDECYT	Regular
UR-11-XI	Red de medicina traslacional en Cáncer (U-CANCER)	01-11-2011	01-11-2012	R. Armisen / A. Quest; A. Villavicencio; C. Fernández; E. Castellon; F. ALONSO; F. Salazar; H. Contreras; I. Gallegos; J. Fernández; J. Tapia; K. Marcelain; M. Ahumada; M. Galindo; M. Lopez; O. Barajas; V. Cristi; V. Torres	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Fisiopatología	Fondo Central de Investigación	Programa U-Redes: Línea 2 incentivo a la Consolidación de Red; Domeyko II
I07/11-2	La quinasa Aurora-A fosforila Ski induciendo su degradación proteosomal durante la mitosis	01-10-2007	01-10-2009	K. Marcelain	UCH / Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Programa de Genética Humana	Fondo Central de Investigación	INICIACION

PUBLICACIONES

Autores	Título publicación	Año	Título revista	Tipo publicación	Digital object identifier
Sagredo, AI; Sagredo, EA; Pola, V; Echeverria, C; Andaur, R; Michea, L; Stutzin, A; Simon, F; Marcelain, K; Armisen, R	TRPM4 channel is involved in regulating epithelial to mesenchymal transition, migration, and invasion of prostate cancer cell lines	2019	JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/jcp.27371
Sagredo, EA; Blanco, A; Sagredo, AI; Perez, P; Sepulveda-Hermosilla, G; Morales, F; Muller, B; Verdugo, R; Marcelain, K; Harismendy, O; Armisen, R	ADAR1-mediated RNA-editing of 3 ‘ UTRs in breast cancer	2018	BIOLOGICAL RESEARCH	ISI;SCOPUS;SCIELO-Chile/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1186/s40659-018-0185-4
Andaur R., Tapia J.C., Moreno J., Soto L., Armisen R., Marcelain K.	Differential miRNA expression profiling reveals miR-205-3p to be a potential radiosensitizer for low- dose ionizing radiation in DLD-1 cells	2018	ONCOTARGET	SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.25405
Jain J., Moreno J., Andaur R., Armisen R., Avaria G., Bora B., Davis S., Pavez C., Marcelain K., Soto L.	In vitro irradiation of colorectal cancer cells by pulsed radiation emitted from a hundred joules plasma focus device and its comparison with continuous irradiation	2018	Journal of Physics: Conference Series	SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/1043/1/012047
Aracena, M; Cares, C; Arredondo, S; Marcelain, K; Gonzalez-Hormazabal, P	NIJMEGEN BREAKAGE SYNDROME: FOLLOW UP OF SEVEN CASES IN CHILE	2018	AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A	ISI/UCH/VID
Sagredo, AI; Sagredo, EA; Cappelli, C; Baez, P; Andaur, RE; Blanco, C; Tapia, JC; Echeverria, C; Cerda, O; Stutzin, A; Simon, F; Marcelain, K; Armisen, R	TRPM4 regulates Akt/GSK3-beta activity and enhances beta-catenin signaling and cell proliferation in prostate cancer cells	2018	MOLECULAR ONCOLOGY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/1878-0261.12100
Jain, J; Moreno, J; Andaur, R; Armisen, R; Morales, D; Marcelain, K; Avaria, G; Bora, B; Davis, S; Pavez, C; Soto, L	Hundred joules plasma focus device as a potential pulsed source for in vitro cancer cell irradiation	2017	AIP ADVANCES	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1063/1.4994655
Bermejo, JL; Boekstegers, F; Silos, RG; Marcelain, K; Benavides, PB; Ponce, CB; Muller, B; Ferreccio, C; Koshiol, J; Fischer, C; Peil, B; Sinsheimer, J; Guajardo, MF; Barajas, O; Gonzalez-Jose, R; Bedoya, G; Bortolini, MC; Canizales-Quinteros, S; Gallo, C; Linares, AR; Rothhammer, F	Subtypes of Native American ancestry and leading causes of death: Mapuche ancestry-specific associations with gallbladder cancer risk in Chile	2017	PLOS GENETICS	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1006756
Urzua, U; Chacon, C; Lizama, L; Sarmiento, S; Villalobos, P; Kroxato, B; Marcelain, K; Gonzalez, MJ	Parity History Determines a Systemic Inflammatory Response to Spread of Ovarian Cancer in Naturally Aged Mice	2017	AGING AND DISEASE	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.14336/AD.2017.0110
Signore, IA; Jerez, C; Figueroa, D; Suazo, J; Marcelain, K; Cerda, O; Flores, AC	Inhibition of the 3-Hydroxy-3-Methyl-Glutaryl-CoA Reductase Induces Orofacial Defects in Zebrafish	2016	BIRTH DEFECTS RESEARCH PART A-CLINICAL AND MOLECULAR TERATOLOGY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/bdra.23546
Bora B., Jain J., Inestrosa-Izurieta M.J., Avaria G., Moreno J., Pavez C., Marcelain K., Armisen R., Soto L.	Development of plasma needle to be used for biomedical applications	2016	Journal of Physics: Conference Series	SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/720/1/012038
Jain J., Moreno J., Avaria G., Pavez C., Bora B., Inestrosa Izurieta M.J., Diez D., Alvarez O., Tapia J., Marcelain K., Armisen R., Soto L.	Characterization of x-rays pulses from a hundred joules plasma focus to study its effects on cancer cells	2016	Journal of Physics: Conference Series	SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/720/1/012043
Rivas, S; Armisen, R; Rojas, DA; Maldonado, E; Huerta, H; Tapia, JC; Espinoza, J; Colombo, A; Michea, L; Hayman, MJ; Marcelain, K	The Ski Protein is Involved in the Transformation Pathway of Aurora Kinase A	2016	JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/jcb.25275
Bermejo, JL; Silos, RG; Pell, B; Marcelain, K; Fuentes, M; Rothhammer, F	Genetic Ancestry and Mortality in Chile	2015	HUMAN HEREDITY	ISI/UCH/VID
Bermejo, JL; Boekstegers, F; Silos, RG; Marcelain, K; Guajardo, MF; Rothhammer, F	Latino does not equal Latino: Major components of Native American Ancestry and Mortality due to Gallbladder Cancer in Chile	2015	GENETIC EPIDEMIOLOGY	ISI/UCH/VID
Urzua, U; Chacon, C; Sarmiento, S; Lizama, L; Ampuero, S; Marcelain, K; Villalobos, P; Gonzalez, MJ; Romero, C	PARITY MODULATES THE OVARIAN TRANSCRIPTOME AND SYSTEMIC INFLAMMATORY MARKERS IN ESTROPAUSAL MICE	2015	INTERNATIONAL JOURNAL OF GYNECOLOGICAL CANCER	ISI/UCH/VID
Niechi, I;Silva, E;Cabello, P;Huerta, H;Carrasco, V;Villar, P;Cataldo, LR;Marcelain, K;Armisen, R;Varas-Godoy, M;Fernandez, C;Tapia, JC	Colon cancer cell invasion is promoted by protein kinase CK2 through increase of endothelin- converting enzyme-1c protein stability	2015	ONCOTARGET	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.5722
Cappelli, C;Urzua, U;Toro, J;Cassanova, E;Vargas, C;Donoso, G;Rivas, S;Orostica, K;Verdugo, R;Armisen, R;Marcelain, K	The transcriptional co-repressor Ski localizes in the pericentromeric region of mitotic chromosomes, regulating the expression of targeted genes at the early G1 phase of the cell cycle	2014	FEBS JOURNAL	ISI/UCH/VID
Meruane, M.; Benítez, S.; Rojas, M.; Sagredo, A.; Marcelain, K.; Villalobos, B.	Epitelización inducida por células troncales derivadas del tejido adiposo	2014	CIRUGIA PLASTICA IBERO-LATINOAMERICANA	SCOPUS;SCIELO-otrospaises/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.4321/S0376-78922014000200001
Sagredo, A;Sagredo, E;Salamanca, E;Luco, C;Andaur, R;Michea, L;Simon, F;Tapia, J;Marcelain, K;Armisen, R	The TRPM4 channel regulates the Epithelial-Mesenchymal transition in prostate cancer cells	2014	FEBS JOURNAL	ISI/UCH/VID
Arredondo, S; Aracena, M; Cares, C; Marcelain, K; Gonzalez-Hormazabal, P; Pincheira, J	Heterogeneity of Immune Abnormalities in Children with Nijmegen Breakage Syndrome: Experience in a Single Center	2013	JOURNAL OF CLINICAL IMMUNOLOGY	ISI/UCH/VID
Colombo, A;Palma, K;Armijo, L;Mione, M;Signore, IA;Morales, C;Guerrero, N;Meynard, MM;Perez, R;Suazo, J;Marcelain, K;Briones, L;Haartel, S;Wilson, SW;Concha, ML	Daam1a mediates asymmetric habenular morphogenesis by regulating dendritic and axonal outgrowth	2013	DEVELOPMENT	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1242/dev.091934
Marcelain, K;Armisen, R;Aguirre, A;Ueki, N;Toro, J;Colmenares, C;Hayman, MJ	Chromosomal Instability in Mouse Embryonic Fibroblasts Null for the Transcriptional Co-Repressor Ski	2012	JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/jcp.22733
Meruane, MA;Rojas, M;Marcelain, K	The Use of Adipose Tissue-Derived Stem Cells within a Dermal Substitute Improves Skin Regeneration by Increasing Neoangiogenesis and Collagen Synthesis	2012	PLASTIC AND RECONSTRUCTIVE SURGERY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1097/PRS.0b013e3182547e04
Armisen, R ; Marcelain, K ; Simon, F ; Tapia, JC ; Toro, J ; Quest, AFG ; Stutzin, A	TRPM4 Enhances Cell Proliferation Through Up-Regulation of the beta-Catenin Signaling Pathway	2011	JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/jcp.22310
Mosquera, J ; Armisen, R ; Zhao, HL ; Rojas, DA ; Maldonado, E ; Tapia, JC ; Colombo, A ; Hayman, MJ ; Marcelain, K	Identification of Ski as a target for Aurora A kinase	2011	BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2011.05.040
Yefi, R;Ponce, DP;Niechi, I;Silva, E;Cabello, P;Rodriguez, DA;Marcelain, K;Armisen, R;Quest, AFG;Tapia, JC	Protein Kinase CK2 Promotes Cancer Cell Viability Via Up-Regulation of Cyclooxygenase-2 Expression and Enhanced Prostaglandin E2 Production	2011	JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1002/jcb.23247
Ponce, DP;Yefi, R;Cabello, P;Maturana, JL;Niechi, I;Silva, E;Galindo, M;Antonelli, M;Marcelain, K;Armisen, R;Tapia, JC	CK2 functionally interacts with AKT/PKB to promote the beta-catenin-dependent expression of survivin and enhance cell survival	2011	MOLECULAR AND CELLULAR BIOCHEMISTRY	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1007/s11010-011-0965-4
Zhao, HL ; Ueki, N ; Marcelain, K ; Hayman, MJ	The Ski protein can inhibit ligand induced RAR alpha and HDAC3 degradation in the retinoic acid signaling pathway	2009	BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2009.03.141
Pincheira, J ; Romero, P ; Marcelain, K ; Salazar, L ; de la Torre, C	G2 checkpoint-dependent DNA repair and its response to catalase in Down syndrome and control lymphocyte cultures	2007	CELL BIOLOGY INTERNATIONAL	ISI;SCOPUS/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.1016/j.cellbi.2006.09.018
Marcelain, K; De La Torre, C; Gonzalez, P	Roles of nibrin and ATM/ATR kinases on the G2 checkpoint under endogenous or radio-induced DNA damage	2005	BIOLOGICAL RESEARCH	ISI;SCOPUS;SCIELO-Chile/UCH/VID	http://dx.doi.org/10.4067/S0716-97602005000200007

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